Pirmoji mokykla Krakėse įkurta 1579 m. čia klebonavusio žymaus lietuvių raštijos pradininko, „Postilės“ autoriaus Mikalojaus Daukšos. Švietėjišką veiklą tęsė Šv. Kotrynos vienuolyno seserys, lietuvišką spaudą caro metais platinę knygnešiai, lietuviško rašto ir „slebizavonės“ mokę slaptųjų mokyklų daraktoriai.

                      Dabartinės mokyklos pradžia  – 1940 m. įsteigta progimnazija, vėliau tapusi vidurine mokykla, 2007 m. iškovojusi gimnazijos statusą. Nuo 1974 m. jai suteiktas rašytojo, etnografo Mikalojaus Katkaus vardas. 1962 m. mokyklos pastatas perstatytas į keturaukštį, 1987 m. pristatytas priestatas su 10 erdvių kabinetų, sporto sale, valgykla. 2004 m. mokykla neatpažįstamai pasikeitė renovavus pastatą.

                      Šiandieninė Krakių Mikalojaus Katkaus gimnazija – šiuolaikinė, moderni švietimo įstaiga, siekianti aukštų mokymosi pasiekimų ir kiekvieno mokinio pažangos, ugdanti mokinių atsakomybę ir mokymosi rezultatus, gebanti paruošti mokinius sėkmingai varžytis įvairiuose konkursuose, olimpiadose, varžybose. Gimnazijoje sėkmingai siejamas ugdymosi turinys su kitais mokomaisiais dalykais, gyvenimo praktika ir mokinių turima patirtimi, kuriama sveika, saugi ir šiuolaikiška patraukli ugdymosi poreikius atitinkanti aplinka.

                      Šiandieninę švietimo įstaigą sudaro Krakių gimnazija (252 mokiniai) ir skyriai: „Bitutės“ skyrius (39 ugdytiniai), Meironiškių pradinio ugdymo skyrius (13 ugdytinių), Pajieslio daugiafunkcis centras (6 ugdytiniai).

                      Gimnazijoje vykdomas ilgalaikės prevencinės programos, teikiama pagalba specialiųjų ugdymosi poreikių turintiems mokiniams (80), teikiama socialinė parama (109). 198 moksleiviai kasdien vežami 5 mokykliniais ir 2 „Kėdbuso“ autobusais į gimnaziją ir jos skyrius. 26 moksleiviai mokosi iš gretimo Raseinių rajono.

                      Atsižvelgiant į šiandieninę epidemineloginę situaciją 2020 m. pavasarį gimnazija dirbo nuotoliniu būdu, o nuo rugsėjo 1-osios moksleiviai grįžo į gimnaziją, kabinetinė sistema pakeista į klasių, pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo srautai visiškai atskirti.

                      Pasišventusio 42 pedagogų kolektyvo pastangomis Krakių gimnazija rajone garsėja mokinių žiniomis, gebėjimais ir aktyvumu.

                      Daugiau kaip dešimtmetį Krakių Mikalojaus Katkaus gimnazija yra sportiškiausių Lietuvos mokyklų tarpe, 5 kartus šalyje esame pripažinti Gražiausiai tvarkomų edukacinių erdvių nugalėtojais. Nuo 2017 m. suteiktas Sveikatą stiprinančios mokyklos statusas, nuo 2018 m. mokykla – Europos parlamento ambasadorė.